Manuel Lobo

Paraguay fue el primer gran centro de colonización regional. A partir de 1609 los jesuitas empezaron a fundar misiones entre los guaycurúes y guaraníes, alcanzando en 1700 la cifra de 30 establecimientos misioneros. En 1611, el visitador Francisco de Alfaro declaró libres de encomiendas los indios convertidos por los jesuitas y dio sus famosas Ordenanzas. Los indios se asentaron en las reducciones de la Compañía y trabajaron comunitaria e individualmente bajo un régimen teocrático dirigido por dichos religiosos. El Río de la Plata volvió a poblarse por motivos económicos (necesidad de dotar de un puerto a Paraguay y Tucumán).

Las tierras recién descubiertas fueron anexionadas a Castilla, decisión relacionada con la necesidad de tener que negociar con Portugal unos límites de lo descubierto, para lo que Castilla, y no Aragón, contaba con un tratado básico que era el de Alcaçobas-Toledo. Los Reyes Católicos aprovecharon la circunstancia de que el Papa Alejandro VI era español para equiparar sus derechos sobre las Indias a los que los portugueses habían logrado anteriormente en sus dominios africanos.