La Iglesia indiana dependió del Papa, para los problemas de Fe, y del Rey, para los de su organización.En 1501, Fernando el Católico logró la concesión de Alejandro Vl para administrar los diezmos e instauró el Regio Patronato, que le permitía presentar candidatos para las vacantes en Indias. Carlos I logró la creación de Patriarca de Indias y el Pase Regio, autorización real para todos los documentos papales relativos a América. Los sucesivos monarcas posteriores también intentaron obtener el control de la Iglesia indiana frente a las aspiraciones del Pontificado.
se trasladará la sede episcopal desde Trujillo a Comayagua, recibiendo la definitiva confirmación del propio Felipe II
Felipe II
Rey de España (1556-1598), hijo de Carlos I y de Isabel de Portugal. Casado en primeras nupcias con María Manuela de Portugal con la que tuvo un hijo, el príncipe Carlos de Austria, con el que protagonizó un conflicto poco antes de la muerte de éste en 1568. Otros tres matrimonios sucedieron al primero, con María I Tudor de Inglaterra, con Isabel de Valois y con su sobrina Ana de Austria, con la que al fin consiguió el heredero al trono, el que sería Felipe III.
