Historia Natural y Moral de las Indias. INTRODUCCIÓN
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INTRODUCCIÓN La Historia Natural y Moral de las Indias del P. José de Acosta sale a la luz pública, una vez más, a los casi cuatrocientos años de haber sido publicada por primera vez, y ello no es por casualidad. Porque ésta, que fue la obra de más éxito de su autor, traducida al italiano, francés, alemán, inglés, holandés y latín, es verdaderamente un libro capital para la comprensión e ideación de América desde Europa, obra de un racionalismo prematuro, que abrió cauces nuevos a la lógica y a la explicación de los fenómenos nuevos que ofrecía el recién descubierto continente, con puntos de vista igualmente novedosos y certeros, lo que contribuiría, en definitiva, al perfilamiento y avance de la ciencia moderna, pese a los resabios añejos, que aún perduran en las páginas de este libro admirable. En la presentación de esta nueva edición de la Historia Natural y Moral de las Indias no vamos a intentar una investigación original sobre Acosta o su obra: muchos e importantes autores se han ocupado de uno y otra y de ellos tomaremos lo mejor para ofrecer al lector una renovada valoración de una tan destacada aportación del genio español del XVI. En las páginas que siguen no podrá faltar la alusión resumida al tan famoso pretendido plagio de nuestro autor, siguiendo el magistral análisis realizado por el maestro O'Gorman en su última edición de la Historia; pero destacaremos algunos otros aspectos menos divulgados, como es, por ejemplo, su original planteamiento acerca de los orígenes americanos --culturales y biológicos--, mediante la consideración lógica de la existencia de Beringia, cuando esta región aún no había sido descubierta; o la manifestación de un planteamiento típicamente evolucionista en el tratamiento de la realidad americana tanto biológica como, sobre todo, cultural o moralmente; asimismo destacaremos el carácter novedoso de su análisis comparativo, semejante en cierto modo al de Bartolomé de Las Casas en su Apologética, cuando trata de manera paralela a las culturas de la Nueva España y el Perú, con lo que se acerca a un estudio verdaderamente etnológico de la realidad americana; o sus atisbos indigenistas, cuando alcanza a esos planteamientos como consecuencias precisamente del estudio comparativo previo.
La meta final que perseguimos al presentar esta nueva edición, de carácter popular, de la Historia de Acosta, es divulgar uno de los libros más señeros de cuantos se escribieron en el siglo XVI, para entender y hacer entender a los europeos contemporáneos el mundo nuevo que se abría por primera vez al conocimiento del mundo. BIOGRAFÍA Los primeros años El P. José de Acosta (1540-1600) había nacido a fines de septiembre o principios de octubre del año 1540 en el seno de una familia de comerciantes en la ciudad de Medina del Campo. Sus padres eran Antonio de Acosta y Ana de Porres y José era uno de los nueve hijos del matrimonio: seis varones y tres mujeres. Todos, salvo una hermana y su hermano Hernando, dedicado al ejercicio de las armas, fueron religiosos: Bernardino, misionero en México; Jerónimo y Diego, dedicados a la enseñanza, y Cristóbal, coadjutor temporal. Sin embargo, la familia era de ascendencia judía y, por lo tanto, se trataba de cristianos nuevos, con todo lo que esto significaba en la época. Sabemos que José de Acosta ingresó en 1551 en el Colegio de la Compañía de Jesús en Medina del Campo y un año después, el 10 de septiembre de 1552, entraba en el noviciado de la Compañía en Salamanca, donde residió durante un mes, pasando luego de nuevo al Colegio de Medina del Campo. Es allí donde, el 1 de noviembre de 1554, hace los primeros votos religiosos, residiendo hasta 1557. Ya en esa época el joven José demostraba una gran imaginación y éxito literarios no sólo en los escritos que habitualmente hacía en forma epistolar, informando a Ignacio de Loyola, sino en sus primeros ensayos estrictamente literarios, como fueron varias comedias y autos de tema bíblico, que principalmente eran representados en el colegio; así se recuerda un auto sobre la historia de José y la tragedia de Jefté que se representó cuando sólo contaba quince años.
También en esa época se empleó en enseñar gramática a los niños, entre los que se encontraría muy probablemente San Juan de la Cruz. En 1557 emprendió una serie de viajes por España que le llevarían a Plasencia, donde residió durante un mes; a Lisboa y Coimbra, donde residió desde fines de 1557 durante nueve meses; a Valladolid, donde vivió durante un año (1558 59), y finalmente a Segovia, donde fue fundador del Colegio de los Jesuitas, residiendo desde febrero a octubre de 1559. Ese mismo año pasa a Alcalá de Henares, en cuya Universidad iba a realizar brillantísimos estudios en el campo de la Teología, las Sagradas Escrituras y el Derecho Canónico, así como en ciencias profanas tales como el Derecho civil, las Ciencias Naturales y la Historia. En el año de 1562, a los veintidós de edad, recibiría las sagradas órdenes, residiendo desde entonces hasta 1565 en Roma. Desde el verano de 1567 hasta septiembre de 1569 fue profesor de teología en el Colegio de Ocaña y desde esa fecha, hasta principios de 1571, hizo lo propio en el Colegio de Plasencia. La vocación misionera y americana de José de Acosta se manifestó ya en fecha temprana, en 1561, con ocasión de la visita del P. Nadal a España en nombre del segundo general de la Compañía P. Diego Lainez; pero para esa época todavía no había salido ninguna expedición jesuítica al Nuevo Mundo. En efecto, admitida la Compañía de Jesús por Felipe II para las misiones en América, no partieron las primeras expediciones hasta 1566 y 1567 a la Florida y al Perú.
El P. Acosta escribió a Francisco de Borja, tercer general de la Compañía, en 1568 y 1569, expresando su deseo de trasladarse a América. Este ruego sería finalmente atendido en 1571, destinándosele a las misiones de los Andes. Acosta en el Perú Hasta aquel momento los jesuitas solamente habían enviado dos grupos al Perú: la primera expedición la formaron ocho sacerdotes y al año siguiente, acompañando al Virrey don Francisco de Toledo, se envió otra mucho más numerosa. Los problemas planteados a aquellos primeros jesuitas en tierras andinas hicieron ser más cauteloso y prudente a Francisco de Borja en la expedición siguiente; iban a ser menos pero más seleccionados los sacerdotes enviados. Es así como el P. Acosta fue elegido por el general de la Compañía, teniendo en cuenta sus extraordinarias cualidades como predicador y teólogo, y ya que en el verano de 1570 se le había concedido la profesión solemne de cuatro votos en Alcalá de Henares, regresando luego a Plasencia, allí recibió la orden de San Francisco de Borja para salir hacia Sevilla y alcanzar la flota de ese año, que le llevaría hasta Lima. El 29 de marzo de 1571 el P. José de Acosta se hallaba en Sevilla y el 6 de abril salía en dirección a Sanlúcar de Barrameda, donde embarcó finalmente, el 8 de junio, en la armada de don Pedro Menéndez de Avilés. En esa ocasión la expedición jesuítica sería la más corta de cuantas habían salido hasta entonces con dirección a América: la componía el propio P.
José de Acosta, el P. Andrés López y el H. Diego Martínez, estudiante de teología. El mismo Acosta hace una breve alusión a esta su primera travesía del Atlántico al decir: A mí me acaeció pasando a Indias, verme en la primera tierra poblada de españoles, en quince días después de salidos de las Canarias, y sin duda fuera más breve el viaje, si le dieran velas a la brisa fresca, que corría (Acosta, 1962: 53: 1 19). El 13 de septiembre de 1571 se hallaba en Santo Domingo, a juzgar por el Memorial escrito en esa ciudad y dirigido al P. General de la Compañía, refiriendo lo que le sucedió con el Arzobispo a propósito del conflictivo tema de la Compañía de Jesús. Sabemos, sin embargo, que el 28 de abril de 1572 el P. José de Acosta llegaba finalmente a Lima. La actividad del P. Acosta en el primer año de su estancia en Lima se desenvolvió en los mismos ámbitos que en España --la cátedra y el púlpito-- y en ambos alcanzó la misma brillantez y fama que tuviese en la península. Sin embargo, su estancia en la capital del Virreinato en aquella ocasión fue breve porque el provincial del Perú, P. Jerónimo Ruiz del Portillo, le envió muy pronto a una misión de larga duración por el interior del país. En ese viaje visitaría en primer lugar, y en nombre del P. Provincial, el recién fundado Colegio del Cuzco, y después pasaría temporadas más o menos largas en las ciudades de Arequipa, La Paz o Chuquiabo, Potosí y Chuquisaca. Además de su tarea como predicador en esas ciudades, llevaba como misión conocer los problemas misionales y de otro género que se planteaban a los primeros jesuitas en esas regiones, y debía tantear también las posibilidades para las nuevas fundaciones que se harían realidad en los próximos años.
En esas visitas le acompañaron algunos de los mejores hermanos de la orden: el P. Antonio González de Ocampo, el H. Juan de Casasola, el P. Luis López y el H. Gonzalo Ruiz, buen conocedor del quéchua, como mestizo que era, y de quien aprendió las primeras nociones del idioma el P. Acosta. Su primer encuentro con el Virrey Toledo se produjo en ese viaje, cuando el gran gobernante le llamó a la ciudad de Chuquisaca para conocerle. Es entonces cuando toma contacto con Polo de Ondegardo y manejó sus escritos, especialmente su información acerca de la religión y gobierno de los Incas, a la que cita abundantemente en su Historia natural. El viaje, que duraría más de un año, le sirvió a José de Acosta para informarse del país de una manera seria y profunda. Ese conocimiento le serviría de experiencia inestimable, no sólo para toda su acción posterior en aquella tierra, sino a la hora de escribir la obra que hoy reeditamos. En octubre de 1574 el P. Provincial llamó a Acosta para que se hiciese cargo de un importante proceso que por aquel entonces llevaba adelante el Santo Oficio de la Inquisición contra fray Francisco de la Cruz y tres frailes dominicos más. Tiene importancia en los escritos de Acosta este proceso por los errores acerca de los indios y la fe que era posible o conveniente predicarles y otros pormenores sobre sacramentos y métodos de evangelización que mantenía tercamente el fraile, tanto más peligrosos como que había sido tenido antes por hombre santo y oráculo del Perú (Mateos, 1954: XII).
El proceso, que culminaría en un auto de fe celebrado en Lima el 13 de abril de 1578, en que fray Francisco de la Cruz fue quemado en persona, serviría al P. José de Acosta para reflexionar sobre los métodos misionales, reflexiones que volcaría por aquellos años en otra de sus grandes contribuciones: el De Procuranda Indorum Salute. El 1 de octubre de 1572 había muerto el tercer general de la Compañía de Jesús, San Francisco de Borja; es su sucesor el P. Everardo Mercuriano, quien muy pronto envió como visitador al Perú al P. Juan de la Plaza. Al llegar éste a Lima el 31 de mayo de 1575, llevaba como misión entrevistarse con el P. Acosta, para consultarle algunos graves problemas de las misiones jesuíticas en Indias. La impresión que José de Acosta causó al visitador fue tan grande que el 1 de septiembre de ese mismo año lo nombraba rector del Colegio de Lima y el 1 de enero del año siguiente lo elevaría al cargo de Provincial del Perú, con gran contento del Virrey Toledo y en general de toda la población limeña, entre quienes Acosta tenía un gran predicamento. Su primer acto de gobierno como P. Provincial fue convocar una Congregación --la primera que se reunía en el Perú-- y que se celebró en Lima (16 27 de enero de 1576) y en el Cuzco (8 16 de octubre del mismo año). Entre los sacerdotes más eminentes que tenía entonces la Compañía en el Perú, el P. Acosta fue el alma de todas las reuniones, aportando a ellas no sólo su sabiduría en las ciencias teológicas, sino su profundo conocimiento del mundo andino, adquirido a raíz de su primer viaje por el interior del Perú.
En muchas partes de las Actas de esa Congregación se advierten intervenciones de Acosta en las que hay esbozados algunos puntos de su libro De Procuranda Indorum Salute. En 1578 se fecha un tercer viaje del P. Acosta por el interior, esta vez para visitar las nuevas fundaciones de la Compañía en Juli, Potosí, Arequipa y La Paz. En Juli, donde se iba a iniciar un notable ensayo misional, habían entrado los primeros jesuitas en noviembre de 1576. Allí llegaría Acosta el 21 de diciembre, permaneciendo en la nueva fundación ocho días. En Potosí había entrado el P. Portillo acompañado de varios compañeros el 6 de enero de 1577, mientras el P. Acosta, que había estado en Arequipa, el 5 de enero baja a la costa y llega por mar a Lima el 6 de febrero. También el año 1576 dio comienzo en Lima el P. Acosta a un Internado para jóvenes del interior y aun de Chile, Quito y Nuevo Reino de Granada, que venían a estudiar al colegio de la Compañía en Lima, poniéndolo al cuidado de un clérigo secular en una casa cercana. Este internado fue el origen de un célebre colegio mayor llamado de San Martín, del nombre del virrey don Martín Enríquez (Mateos, 1954: XIII). En 1578 parece que se iniciaron las dificultades con el Virrey Francisco de Toledo en relación con la fundación del Colegio de Arequipa. En agosto de ese mismo año el P. Acosta estaba en el Cuzco y los últimos meses de ese año los pasó en La Paz, regresando a Arequipa en enero del año siguiente y llegando finalmente a Lima en febrero de 1579.
Las dificultades con el Virrey se recrudecen poco después, hasta el punto de que éste mandó clausurar los colegios de Arequipa y Potosí, negando el permiso para abrir el de La Paz y echando contra los Jesuitas a la Inquisición, a propósito de ciertas irregularidades en el proceso de fray Francisco de la Cruz. Este proceso de la Inquisición fue un torcedor para el espíritu por extremo sensible de Acosta, porque dado el secreto riguroso que era de estilo en el Santo Oficio, él, como calificador y amigo personal de los inquisidores, conoció con todos sus pormenores las acusaciones que se hicieron contra Luis López, preso por diciembre de 1578 a su vuelta de Arequipa, donde era rector; cuando Toledo cerró el colegio de la Compañía. Cuatro meses más tarde fue también preso el P. Miguel de Fuentes, y aun contra el P. Jerónimo Ruiz de Portillo hubo sus dichos, aunque no llegó a ser preso. Pero estos datos que sabía el P. Acosta eran secretos e ignorados por los demás jesuitas, los cuales atribuyeron la prisión de López a manejos o, al menos, negligencia de Acosta, por haber sido López secretario y persona de toda la confianza del visitador P. Plaza, y su oposición a que Portillo fuese nombrado rector del colegio de Cuzco, a razones parecidas, cuando el motivo verdadero, pero no comunicable que le movía, era mantener a Portillo en la penumbra mientras se dilucidaban las acusaciones que contra él había. Se creó, pues, la sospecha de que Acosta había faltado a la fidelidad de la Compañía en estos negocios de Inquisición y que abusaba de la injerencia o presión extraña de ella, para el gobierno interno de la Compañía (Mateos, 1954: XV).
Las dificultades de la Compañía y del propio Acosta con el Virrey, cuando en 1581 vino a sustituir a don Francisco de Toledo, don Martín Enríquez de Almansa, cesaron; pero de aquella turbia historia algo quedó en el ánimo del P. José de Acosta porque, al cabo de poco tiempo, pidió regresar a España aquejado de congojas del corazón y humor de melancolía. También en ese año terminó su provincialato y fue sustituido el 25 de mayo por el P. Baltasar Piñas. El 20 de mayo de 1581 había llegado a Lima Toribio de Mogrovejo y el 15 de agosto de aquel mismo año convocaba el III Concilio Limense, que iba a celebrarse un año después. Con independencia de la participación de numerosos obispos y sacerdotes eminentes, ésta fue quizás la última actividad importante del P. Acosta en el Virreinato del Perú, porque puede decirse que él fue en esta ocasión, como lo había sido en la Congregación provincial de 1576, el alma de la asamblea. Él fue autor del texto castellano de los catecismos y tuvo un papel importante en la redacción del confesionario y los sermones. La traducción al quéchua y aymara fueron obra de los Padres Alonso de Barzana, Blas Valera y Bartolomé de Santiago, cuyos textos se imprimieron en 1584 y 1585, siendo los primeros impresos de América del Sur. El P. Alonso de Barzana preparó también gramáticas y vocabularios en los que venía trabajando desde la Congregación provincial de 1576. Fue por esas fechas --1581 y 1582-- cuando el P.
Acosta pidió su traslado a España aquejado de enfermedades y tristezas: las enfermedades podían ser las derivadas del mal de altura, que para una persona de gran peso y complexión más que robusta, según lo retrataron sus contemporáneos, podía hacerle insufribles sus desplazamientos a la sierra, pero la tristeza la debemos atribuir en parte a los sinsabores derivados de su actuación en el Santo Oficio y del pleito entre la Compañía y el Virrey Toledo, y en parte a una cierta melancolía que le hacía recordar con añoranza su tierra natal. La buena disposición del nuevo general de la Compañía, P. Claudio Acquaviva, y del Provincial, P. Baltasar Piñas, hicieron que su traslado a España fuese en las mejores condiciones posibles, evitándole viajar con el P. Luis López, condenado a destierro perpetuo por la Inquisición de Lima, o con el P. Miguel de Fuentes, también víctima como aquél del mismo proceso en el que había intervenido el P. Acosta. Por esto el regreso de Acosta no se hizo directamente, sino pasando una temporada en la Nueva España.
La meta final que perseguimos al presentar esta nueva edición, de carácter popular, de la Historia de Acosta, es divulgar uno de los libros más señeros de cuantos se escribieron en el siglo XVI, para entender y hacer entender a los europeos contemporáneos el mundo nuevo que se abría por primera vez al conocimiento del mundo. BIOGRAFÍA Los primeros años El P. José de Acosta (1540-1600) había nacido a fines de septiembre o principios de octubre del año 1540 en el seno de una familia de comerciantes en la ciudad de Medina del Campo. Sus padres eran Antonio de Acosta y Ana de Porres y José era uno de los nueve hijos del matrimonio: seis varones y tres mujeres. Todos, salvo una hermana y su hermano Hernando, dedicado al ejercicio de las armas, fueron religiosos: Bernardino, misionero en México; Jerónimo y Diego, dedicados a la enseñanza, y Cristóbal, coadjutor temporal. Sin embargo, la familia era de ascendencia judía y, por lo tanto, se trataba de cristianos nuevos, con todo lo que esto significaba en la época. Sabemos que José de Acosta ingresó en 1551 en el Colegio de la Compañía de Jesús en Medina del Campo y un año después, el 10 de septiembre de 1552, entraba en el noviciado de la Compañía en Salamanca, donde residió durante un mes, pasando luego de nuevo al Colegio de Medina del Campo. Es allí donde, el 1 de noviembre de 1554, hace los primeros votos religiosos, residiendo hasta 1557. Ya en esa época el joven José demostraba una gran imaginación y éxito literarios no sólo en los escritos que habitualmente hacía en forma epistolar, informando a Ignacio de Loyola, sino en sus primeros ensayos estrictamente literarios, como fueron varias comedias y autos de tema bíblico, que principalmente eran representados en el colegio; así se recuerda un auto sobre la historia de José y la tragedia de Jefté que se representó cuando sólo contaba quince años.
También en esa época se empleó en enseñar gramática a los niños, entre los que se encontraría muy probablemente San Juan de la Cruz. En 1557 emprendió una serie de viajes por España que le llevarían a Plasencia, donde residió durante un mes; a Lisboa y Coimbra, donde residió desde fines de 1557 durante nueve meses; a Valladolid, donde vivió durante un año (1558 59), y finalmente a Segovia, donde fue fundador del Colegio de los Jesuitas, residiendo desde febrero a octubre de 1559. Ese mismo año pasa a Alcalá de Henares, en cuya Universidad iba a realizar brillantísimos estudios en el campo de la Teología, las Sagradas Escrituras y el Derecho Canónico, así como en ciencias profanas tales como el Derecho civil, las Ciencias Naturales y la Historia. En el año de 1562, a los veintidós de edad, recibiría las sagradas órdenes, residiendo desde entonces hasta 1565 en Roma. Desde el verano de 1567 hasta septiembre de 1569 fue profesor de teología en el Colegio de Ocaña y desde esa fecha, hasta principios de 1571, hizo lo propio en el Colegio de Plasencia. La vocación misionera y americana de José de Acosta se manifestó ya en fecha temprana, en 1561, con ocasión de la visita del P. Nadal a España en nombre del segundo general de la Compañía P. Diego Lainez; pero para esa época todavía no había salido ninguna expedición jesuítica al Nuevo Mundo. En efecto, admitida la Compañía de Jesús por Felipe II para las misiones en América, no partieron las primeras expediciones hasta 1566 y 1567 a la Florida y al Perú.
El P. Acosta escribió a Francisco de Borja, tercer general de la Compañía, en 1568 y 1569, expresando su deseo de trasladarse a América. Este ruego sería finalmente atendido en 1571, destinándosele a las misiones de los Andes. Acosta en el Perú Hasta aquel momento los jesuitas solamente habían enviado dos grupos al Perú: la primera expedición la formaron ocho sacerdotes y al año siguiente, acompañando al Virrey don Francisco de Toledo, se envió otra mucho más numerosa. Los problemas planteados a aquellos primeros jesuitas en tierras andinas hicieron ser más cauteloso y prudente a Francisco de Borja en la expedición siguiente; iban a ser menos pero más seleccionados los sacerdotes enviados. Es así como el P. Acosta fue elegido por el general de la Compañía, teniendo en cuenta sus extraordinarias cualidades como predicador y teólogo, y ya que en el verano de 1570 se le había concedido la profesión solemne de cuatro votos en Alcalá de Henares, regresando luego a Plasencia, allí recibió la orden de San Francisco de Borja para salir hacia Sevilla y alcanzar la flota de ese año, que le llevaría hasta Lima. El 29 de marzo de 1571 el P. José de Acosta se hallaba en Sevilla y el 6 de abril salía en dirección a Sanlúcar de Barrameda, donde embarcó finalmente, el 8 de junio, en la armada de don Pedro Menéndez de Avilés. En esa ocasión la expedición jesuítica sería la más corta de cuantas habían salido hasta entonces con dirección a América: la componía el propio P.
José de Acosta, el P. Andrés López y el H. Diego Martínez, estudiante de teología. El mismo Acosta hace una breve alusión a esta su primera travesía del Atlántico al decir: A mí me acaeció pasando a Indias, verme en la primera tierra poblada de españoles, en quince días después de salidos de las Canarias, y sin duda fuera más breve el viaje, si le dieran velas a la brisa fresca, que corría (Acosta, 1962: 53: 1 19). El 13 de septiembre de 1571 se hallaba en Santo Domingo, a juzgar por el Memorial escrito en esa ciudad y dirigido al P. General de la Compañía, refiriendo lo que le sucedió con el Arzobispo a propósito del conflictivo tema de la Compañía de Jesús. Sabemos, sin embargo, que el 28 de abril de 1572 el P. José de Acosta llegaba finalmente a Lima. La actividad del P. Acosta en el primer año de su estancia en Lima se desenvolvió en los mismos ámbitos que en España --la cátedra y el púlpito-- y en ambos alcanzó la misma brillantez y fama que tuviese en la península. Sin embargo, su estancia en la capital del Virreinato en aquella ocasión fue breve porque el provincial del Perú, P. Jerónimo Ruiz del Portillo, le envió muy pronto a una misión de larga duración por el interior del país. En ese viaje visitaría en primer lugar, y en nombre del P. Provincial, el recién fundado Colegio del Cuzco, y después pasaría temporadas más o menos largas en las ciudades de Arequipa, La Paz o Chuquiabo, Potosí y Chuquisaca. Además de su tarea como predicador en esas ciudades, llevaba como misión conocer los problemas misionales y de otro género que se planteaban a los primeros jesuitas en esas regiones, y debía tantear también las posibilidades para las nuevas fundaciones que se harían realidad en los próximos años.
En esas visitas le acompañaron algunos de los mejores hermanos de la orden: el P. Antonio González de Ocampo, el H. Juan de Casasola, el P. Luis López y el H. Gonzalo Ruiz, buen conocedor del quéchua, como mestizo que era, y de quien aprendió las primeras nociones del idioma el P. Acosta. Su primer encuentro con el Virrey Toledo se produjo en ese viaje, cuando el gran gobernante le llamó a la ciudad de Chuquisaca para conocerle. Es entonces cuando toma contacto con Polo de Ondegardo y manejó sus escritos, especialmente su información acerca de la religión y gobierno de los Incas, a la que cita abundantemente en su Historia natural. El viaje, que duraría más de un año, le sirvió a José de Acosta para informarse del país de una manera seria y profunda. Ese conocimiento le serviría de experiencia inestimable, no sólo para toda su acción posterior en aquella tierra, sino a la hora de escribir la obra que hoy reeditamos. En octubre de 1574 el P. Provincial llamó a Acosta para que se hiciese cargo de un importante proceso que por aquel entonces llevaba adelante el Santo Oficio de la Inquisición contra fray Francisco de la Cruz y tres frailes dominicos más. Tiene importancia en los escritos de Acosta este proceso por los errores acerca de los indios y la fe que era posible o conveniente predicarles y otros pormenores sobre sacramentos y métodos de evangelización que mantenía tercamente el fraile, tanto más peligrosos como que había sido tenido antes por hombre santo y oráculo del Perú (Mateos, 1954: XII).
El proceso, que culminaría en un auto de fe celebrado en Lima el 13 de abril de 1578, en que fray Francisco de la Cruz fue quemado en persona, serviría al P. José de Acosta para reflexionar sobre los métodos misionales, reflexiones que volcaría por aquellos años en otra de sus grandes contribuciones: el De Procuranda Indorum Salute. El 1 de octubre de 1572 había muerto el tercer general de la Compañía de Jesús, San Francisco de Borja; es su sucesor el P. Everardo Mercuriano, quien muy pronto envió como visitador al Perú al P. Juan de la Plaza. Al llegar éste a Lima el 31 de mayo de 1575, llevaba como misión entrevistarse con el P. Acosta, para consultarle algunos graves problemas de las misiones jesuíticas en Indias. La impresión que José de Acosta causó al visitador fue tan grande que el 1 de septiembre de ese mismo año lo nombraba rector del Colegio de Lima y el 1 de enero del año siguiente lo elevaría al cargo de Provincial del Perú, con gran contento del Virrey Toledo y en general de toda la población limeña, entre quienes Acosta tenía un gran predicamento. Su primer acto de gobierno como P. Provincial fue convocar una Congregación --la primera que se reunía en el Perú-- y que se celebró en Lima (16 27 de enero de 1576) y en el Cuzco (8 16 de octubre del mismo año). Entre los sacerdotes más eminentes que tenía entonces la Compañía en el Perú, el P. Acosta fue el alma de todas las reuniones, aportando a ellas no sólo su sabiduría en las ciencias teológicas, sino su profundo conocimiento del mundo andino, adquirido a raíz de su primer viaje por el interior del Perú.
En muchas partes de las Actas de esa Congregación se advierten intervenciones de Acosta en las que hay esbozados algunos puntos de su libro De Procuranda Indorum Salute. En 1578 se fecha un tercer viaje del P. Acosta por el interior, esta vez para visitar las nuevas fundaciones de la Compañía en Juli, Potosí, Arequipa y La Paz. En Juli, donde se iba a iniciar un notable ensayo misional, habían entrado los primeros jesuitas en noviembre de 1576. Allí llegaría Acosta el 21 de diciembre, permaneciendo en la nueva fundación ocho días. En Potosí había entrado el P. Portillo acompañado de varios compañeros el 6 de enero de 1577, mientras el P. Acosta, que había estado en Arequipa, el 5 de enero baja a la costa y llega por mar a Lima el 6 de febrero. También el año 1576 dio comienzo en Lima el P. Acosta a un Internado para jóvenes del interior y aun de Chile, Quito y Nuevo Reino de Granada, que venían a estudiar al colegio de la Compañía en Lima, poniéndolo al cuidado de un clérigo secular en una casa cercana. Este internado fue el origen de un célebre colegio mayor llamado de San Martín, del nombre del virrey don Martín Enríquez (Mateos, 1954: XIII). En 1578 parece que se iniciaron las dificultades con el Virrey Francisco de Toledo en relación con la fundación del Colegio de Arequipa. En agosto de ese mismo año el P. Acosta estaba en el Cuzco y los últimos meses de ese año los pasó en La Paz, regresando a Arequipa en enero del año siguiente y llegando finalmente a Lima en febrero de 1579.
Las dificultades con el Virrey se recrudecen poco después, hasta el punto de que éste mandó clausurar los colegios de Arequipa y Potosí, negando el permiso para abrir el de La Paz y echando contra los Jesuitas a la Inquisición, a propósito de ciertas irregularidades en el proceso de fray Francisco de la Cruz. Este proceso de la Inquisición fue un torcedor para el espíritu por extremo sensible de Acosta, porque dado el secreto riguroso que era de estilo en el Santo Oficio, él, como calificador y amigo personal de los inquisidores, conoció con todos sus pormenores las acusaciones que se hicieron contra Luis López, preso por diciembre de 1578 a su vuelta de Arequipa, donde era rector; cuando Toledo cerró el colegio de la Compañía. Cuatro meses más tarde fue también preso el P. Miguel de Fuentes, y aun contra el P. Jerónimo Ruiz de Portillo hubo sus dichos, aunque no llegó a ser preso. Pero estos datos que sabía el P. Acosta eran secretos e ignorados por los demás jesuitas, los cuales atribuyeron la prisión de López a manejos o, al menos, negligencia de Acosta, por haber sido López secretario y persona de toda la confianza del visitador P. Plaza, y su oposición a que Portillo fuese nombrado rector del colegio de Cuzco, a razones parecidas, cuando el motivo verdadero, pero no comunicable que le movía, era mantener a Portillo en la penumbra mientras se dilucidaban las acusaciones que contra él había. Se creó, pues, la sospecha de que Acosta había faltado a la fidelidad de la Compañía en estos negocios de Inquisición y que abusaba de la injerencia o presión extraña de ella, para el gobierno interno de la Compañía (Mateos, 1954: XV).
Las dificultades de la Compañía y del propio Acosta con el Virrey, cuando en 1581 vino a sustituir a don Francisco de Toledo, don Martín Enríquez de Almansa, cesaron; pero de aquella turbia historia algo quedó en el ánimo del P. José de Acosta porque, al cabo de poco tiempo, pidió regresar a España aquejado de congojas del corazón y humor de melancolía. También en ese año terminó su provincialato y fue sustituido el 25 de mayo por el P. Baltasar Piñas. El 20 de mayo de 1581 había llegado a Lima Toribio de Mogrovejo y el 15 de agosto de aquel mismo año convocaba el III Concilio Limense, que iba a celebrarse un año después. Con independencia de la participación de numerosos obispos y sacerdotes eminentes, ésta fue quizás la última actividad importante del P. Acosta en el Virreinato del Perú, porque puede decirse que él fue en esta ocasión, como lo había sido en la Congregación provincial de 1576, el alma de la asamblea. Él fue autor del texto castellano de los catecismos y tuvo un papel importante en la redacción del confesionario y los sermones. La traducción al quéchua y aymara fueron obra de los Padres Alonso de Barzana, Blas Valera y Bartolomé de Santiago, cuyos textos se imprimieron en 1584 y 1585, siendo los primeros impresos de América del Sur. El P. Alonso de Barzana preparó también gramáticas y vocabularios en los que venía trabajando desde la Congregación provincial de 1576. Fue por esas fechas --1581 y 1582-- cuando el P.
Acosta pidió su traslado a España aquejado de enfermedades y tristezas: las enfermedades podían ser las derivadas del mal de altura, que para una persona de gran peso y complexión más que robusta, según lo retrataron sus contemporáneos, podía hacerle insufribles sus desplazamientos a la sierra, pero la tristeza la debemos atribuir en parte a los sinsabores derivados de su actuación en el Santo Oficio y del pleito entre la Compañía y el Virrey Toledo, y en parte a una cierta melancolía que le hacía recordar con añoranza su tierra natal. La buena disposición del nuevo general de la Compañía, P. Claudio Acquaviva, y del Provincial, P. Baltasar Piñas, hicieron que su traslado a España fuese en las mejores condiciones posibles, evitándole viajar con el P. Luis López, condenado a destierro perpetuo por la Inquisición de Lima, o con el P. Miguel de Fuentes, también víctima como aquél del mismo proceso en el que había intervenido el P. Acosta. Por esto el regreso de Acosta no se hizo directamente, sino pasando una temporada en la Nueva España.